Prof. Dr. Muzaffer Şeker, 1961 yılında İzmir’de doğdu. 1986′da Uludağ Üniversitesi Veteriner Fakültesinden mezun oldu. 1995 yılında İngiltere’de Leicester Üniversitesinde insan anatomisi üzerine doktora derecesini aldı.

Selçuk Üniversitesi Meram Tıp Fakültesinde Anatomi Anabilim Dalı Başkanlığı ve Deneysel Tıp Araştırma ve Uygulama Merkezinde Müdür Yardımcılığı görevlerinde bulundu. 2000 yılında doçent olan Şeker, 2006′da profesörlük unvanını aldı.

2002′den beri Türk Anatomi ve Klinik Anatomi Derneği yönetim kurulunda başkan yardımcısı, Temel Tıp Bilimleri Platformunda ise genel sekreter olarak görev yapmaktadır. 2008-2010 yılları arasında İstanbul Medipol Üniversitesi Kurucu Mütevelli Heyetinde görev alan Şeker, Meram Tıp Fakültesi Tıp Eğitimi ve Bilişimi Anabilim Dalı Başkanı olarak görev yürütürken Aralık 2010′da Konya Üniversitesinin kurucu rektörlüğüne atanmıştır. Aynı zamanda kamu yönetimi mezunu da olan Prof. Dr. Muzaffer Şeker, evli ve üç çocuk babasıdır.